炎症を抑える作用のあるペンタサ、サラゾピリンなどの5-アミノサリチル酸（5-ASA）製剤が第一選択薬として使用されます。これらのお薬は強い腹痛や下痢、血便などの症状が出る活動期だけでなく、症状が改善されてからも寛解維持のために使われます。中等症以上の患者さんにはプレドニゾロンなどのステロイド剤をあわせて使用します。これらのお薬による治療で効果が得られにくい場合は、イムランなどの免疫調節薬や、炎症の原因物質のひとつとされるTNF-αの働きを抑えるレミケードなどの生物学的製剤が選択される場合もあります。

腸を休ませながら栄養が摂れる栄養療法を行います。経口のほか、鼻にチューブを入れて行う方法、静脈にカテーテルを留置して投与する方法があります。それと並行してペンタサ、サラゾピリンなどの5-アミノサリチル酸（5-ASA）製剤、プレドニゾロンなどのステロイド剤を使用します。これらの治療で効果が得られにくい場合はイムランなどの免疫調節薬や、炎症の原因物質のひとつ「TNF-α」の働きを抑えるレミケードなどの生物学的製剤が選択されることもあります。